"Очерки из книг:
"Красная книга Республики Алтай. Особоохраняемые территории и объекты"
и "Заповедники Сибири. Т.1"

Гидрографическая сеть заповедника принадлежит правобережной части водосборного бассейна Телецкого озера и его главного притока – р. Чулышман. Стекающая с хребта Чихачёва р. Таскыл и еще несколько притоков р. Могенбурен относятся к бассейну р. Кобдо. Из ряда озер, расположенных на границе заповедника по хребтам Абаканскому и Шапшальскому, берут начало ручьи и речки, устремляющие свои воды в притоки Енисея – Хемчик и Большой Абакан. Общая площадь водоемов в заповеднике – 28 766 га (3,2%), из которых 11 757 га приходятся на охраняемую часть акватории Телецкого озера.

Реки заповедника со множеством их больших и малых притоков образуют очень разветвлённую и густую гидрографическую сеть (в среднем 1,5 - 2,0 км/км²). Большинство рек начинаются на Абаканском и Шапшальском хребтах и их отрогах, пересекая территорию заповедника в широтном направлении.

Телецкое побережье дренирует около 70 рек. Самая крупная – р.Чулышман, вытекающая из озера Джулукуль, длиной 241 км, и с площадью водосбора 17200 км². Она несет основную массу воды (67%). Чулышман протекает по заповеднику только на протяжении 60 км – от истока до урочища Кудрул. Кроме р. Чулышман, максимальной протяженностью, водностью и развитием крупных долин выделяются реки Чульча (длина с притоком Итыкульбажи – 98 км), Шавла (с притоком Сайхонаш – 67 км) и Богояш (58 км). Безлесные, заболоченные верховья рек обычно имеют широкие, корытообразные, выпаханные ледниками долины. В среднем и нижнем течении рек долины глубоко врезаются в толщу гор и имеют крутые, покрытые лесом склоны.

Русла бурных стремительных рек здесь загромождены камнями, скорость течения достигает 2 - 5 м в секунду. Ширина речных долин в значительной мере определяется характером прорезаемых пород, сужаясь в областях распространения гранитов и расширяясь там, где развиты хлоритовые сланцы. Реки заповедника живописны – с мощными порогами, перекатами, тихими плесами и водопадами. Более десяти рек имеют водопады высотой от 6 до 60 м: Большой Шалтан и Большой Корбу, Киште, Кайра, Аксу и другие. На р. Чульче в 8 км от устья находится самый большой водопад Алтая – "Неприступный". Это 150-метровый каскад воды, бушующей среди громадных гнейсовых глыб.

Заповедник – крупнейший озерный край. В бассейнах Чулышмана и Телецкого озера насчитывается 2560 озер среди них 1190 озер площадью более 1 га каждое. Механизм образования их котловин – ледниковый (каровый).

Каровые озера имеют овальную, иногда круглую форму и обрывистые берега. Часто в озера спускаются шлейфы каменистых осыпей. Глубина каровых озер значительна – до 35 - 50 м. Термокарстовые озера встречаются в зоне развития вечной мерзлоты в юго-восточной части заповедника. Это либо мелкие овальные одиночные озера, либо причудливые комплексы соединившихся термокарстовых котловин с грядово-котловинным дном и небольшими островами.

Большинство озер располагается выше границы леса, на высоте 1800-2400 м.

Самое крупное среди высокогорных озер заповедника – Джулукуль – расположено в одноименной котловине на высоте 2200 м н. у. м., среди множества других водоемов моренного происхождения. Площадь Джулукуля – 3020 га, глубина – 7-9 м, протяженность – около 10 км. В озере обитают хариус – Thymallus arcticus, алтайский осман – Oreoleuciscus potanini и гольян – Phoxinus phoxinus. Очень живописны горные моренно-подпрудные озера, с крутыми скалистыми берегами или же окаймленные лесом (бассейны рек Шавлы, Н. Кулаша и др.)

Телецкое озеро – наиболее крупное и красивейшее озеро Алтая – расположено на высоте 434 м н. у. м. Алтын-Колю – "Золотому озеру" алтайцев – посвящено много восторженных описаний ученых и путешественников. Озеро с окружающими его горами и темнохвойной, преимущественно кедровой, тайгой – великолепный природный памятник Сибири. Узкой голубой лентой, стиснутое хребтами Корбу и Алтынту, протянулось озеро на 78 км. Площадь его относительно невелика – 223 км², однако благодаря большой глубине (до 325 м) в нем содержится огромное количество – 40 миллиардов куб. м – отличной пресной воды, чистой, насыщенной кислородом. Отдавая свои воды реке Бие, озеро в значительной мере обеспечивает питание Оби. Впадает в озеро около 70 речек и 150 временных водотоков, причем более половины всей воды (67%) дает река Чулышман.

Большая высота местности и высокая влажность приводят к формированию современного оледенения. Главный узел оледенения хребет Шапшальский. На его склонах насчитывается 58 ледников общей площадью 19,8 км². Небольшие глетчеры и снежники, питающие реки, имеются на хребте Корбу.

Особый интерес вызывают минеральные источники Прителецкого района, где проходит одна из ветвей крупного Алтайско-Курайского тектонического разлома земной коры. Минерализация их воды превышает 0,3 мг/л [Ушакова, Тодожокова, 1992]. Отдельные сероводородные родники имеют бальнеологическое значение. Места выхода источников на поверхность используются дикими животными в качестве естественных водопоев.