Алтайский государственный природный заповедник - один из крупнейших резерватов в горах Южной Сибири - существует с 1932 г., однако из-за волюнтаристских правительственных решений в 1950-1960 годах судьба его дважды подвергалась тяжелым испытаниям.

В конце 1920-х годов научный отдел Наркомпроса РСФСР и Всероссийское общество охраны природы искали возможности создания новых заповедников в районах обитания соболя. Комплексная экспедиция под руководством профессора В. И. Баранова, работавшая в 1929 г. на Алтае, наметила горный заповедник площадью более 2 млн. га от границы с Тувой до реки Катунь. Телецкое озеро находилось бы в центре этой огромной территории. Такой вариант был отклонен как препятствующий развитию хозяйства Ойротской (Горно-Алтайской) автономной области, а 4 мая 1930 г. Совнарком РСФСР вынес постановление, которым предусматривалось создание Горно-Алтайского заповедника площадью до 600 тыс. га. В 1931 г. на Алтай была направлена новая экспедиция Наркомпроса для уточнения границ заповедника, в которой участвовал энтузиаст заповедного дела Ф. Ф. Шиллингер.

В проекте, представленном экспедицией, заповедная территория охватывала площадь в 1 млн. га, в том числе 800 тыс. га Ойротской и 200 тыс. га Хакасской автономных областей в верховьях р. Большой Абакан (Шиллингер, 1931). В соответствии с этим проектом, Совнарком РСФСР вынес в апреле 1932 г. постановление "Об учреждении в пределах Ойротской и Хакасской автономных областей государственного Алтайского заповедника". Хотя в тексте постановления речь шла о территории "около 1 млн. га", фактически площадь его была больше - 1,3 млн га.

Заповедник охраняли не только егеря и лесники, но и пограничники, поскольку восточная и южная границы заповедной территории совпадали с границей СССР и Тувинской народной республики. В тридцатые годы на территории заповедника было 5 населенных пунктов, одна пограничная застава, 8 кордонов, 16 таежных избушек и 1220 км конных троп. На правом берегу Чулышмана в 1935 г. проживало 1116 человек. В верховьях Большого Абакана жила семья старообрядцев Лыковых, впервые описанная в литературе ученым-писателем А. А. Малышевым и получившая позднее известность благодаря очеркам В. М. Пескова. В начале Великой Отечественной войны на фронт ушло более 60 лесников, научных сотрудников и рабочих заповедника; 57 из них погибли.

В 1951 г. Алтайский заповедник был ликвидирован. Трудности лесоразработок в горах и отсутствие дорог не позволили провести на заповедной территории значительных рубок леса. По инициативе научной общественности Алтайский заповедник в 1958 г. был восстановлен в системе Главного Управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров РСФСР (Главохота РСФСР). Его площадь уменьшилась до 940 тыс. га за счет территории Хакасии (верховья Большого Абакана) и отдельных участков правобережья Чулышмана.

В 1961 г. заповедник ликвидировали вторично. Однако необходимость охраны природы Горного Алтая была настолько очевидной, что постановлением Совета Министров РСФСР от 7 октября 1967 г. Алтайский заповедник был восстановлен вновь на площади 863,8 тыс. га. В настоящее время после обмена отдельными участками угодий с соседними землепользователями и включения части акватории Телецкого озера в пределы заповедника его площадь составляет 881 238 га.